結論：新築住宅には「1200万円（長期優良住宅は1300万円）の標準控除」という非常に強力な軽減特例があるため、一般的な規模（30〜50坪程度）の建て替えであれば、建物の不動産取得税は「実質ゼロ（非課税）」になるケースがほとんどです。
「不動産取得税」とは、土地を買ったり家を建てたりして、不動産という資産を新しく手に入れた際に、一度だけ都道府県（税務事務所）から課税される地方税です。税率は建物の評価額に対して原則4%（特例で現在は3%）となっています。
「家を建て替えたら、後から数十万円もの税金が請求されるのではないか」と不安になるシニアの方も多いですが、新築住宅には国が定めた非常に手厚い以下の減額マジックが用意されています。
建物分の不動産取得税の決定的な計算式
$$ \text{不動産取得税} = (\text{建物の固定資産税評価額} – \text{緩和控除額}) \times 3% $$
ここで差し引くことができる「緩和控除額」が、一般の新築住宅であれば1200万円、長期優良住宅の認定を受けていれば1300万円となります。
ここで重要なのは、「建物の固定資産税評価額」は、実際にハウスメーカーに支払った工事代金（請賃金額）そのものではないという点です。評価額は役所の担当者が確認に来て算定しますが、通常は実際の建築費の約50%〜60%程度（2500万円で建てた家なら、評価額は1200万〜1500万円程度）に低く見積もられます。
- 具体的なシミュレーション：
請負金額2500万円で長期優良住宅を建て、役所の評価額が「1400万円」になった場合：
$$ (1400\text{万円} – 1300\text{万円}) \times 3% = 3\text{万円} $$
となり、税額はわずか3万円で済みます。もし評価額が1300万円以下に収まっていれば、不動産取得税は完全に0円（非課税）になります。
土地分の不動産取得税はそもそもかかる？
建て替えの場合、実家の土地は「もともと自分が所有している土地」をそのまま使うため、土地に対する新たな不動産取得税は原則として1円もかかりません（※建て替えを機に、隣の敷地を買い増したなどの場合は、その買い増した部分にだけ土地の不動産取得税がかかりますが、それにも別途強力な減額特例があります）。
注意点として、家が完成して入居後、半年ほど経った頃に都道府県から「不動産取得税の納税通知書」が届きます。時折、この1200万〜1300万円の控除が適用される前の高い金額（数十万円）のまま通知が届くミスが役所側で起こることがあります。その場合は慌てて支払わず、新築時の契約書や登記事項証明書を持って県税事務所の窓口へ行き、「新築住宅の軽減特例を適用してください」と申請すれば、その場で0円または数万円に修正されます。必ず中身を確認してから処理しましょう。
